Подземная мечеть расположена на некотором расстоянии от некрополя, к северо-востоку от него. Мечеть Султан-Эпе вырублена в массиве известняковой скалы. Мечеть расположена в самой южной части северного побережья моря. В 2003 году археологические исследования проводились специалистами Мангистауского национального историко-культурного заповедника под руководством А. Астафьева и М. Калменова. Подземная мечеть состоит из 9 помещений. Входная комната заканчивается своеобразной очень крутой лестницей, сложенной из грубых каменных плит разных размеров. Лестница спускается в небольшой зал с высокой крышей и световым люком. Стены построены из камня. Внутри помещения высокая лестница. Зал прямоугольной формы, высота стен до 3 м. На северной стене зала также имеется световой проем, ведущий в узкую комнату. Особого внимания заслуживают каньон Султан-Эпе и колодец. Каньон Султан-Эпе расположен на северном побережье полуострова Тупкараган, вблизи залива Сарытас, простирающегося на 5 км от моря. Это очень красивое место. Каньон Султан-Эпе – это множество разнообразной флоры и фауны, которых вы не встретите больше нигде в регионе.
Султан-Эпе был сыном известного среднеазиатского поэта-мистика Хаким-Аты (Сулеймана Бакыргани), ученика Ахмада Яссави, и Амбар-Аны. По легенде Султан-Эпе является покровителем утопающих и рыбаков. Он совершил много чудес. Например, перенес Каабу в Бакырган (Хорезм) для своего отца, чудесным образом оживил забитых быков и т. д. Однако Хаким-Ата относился к деятельности своего солнца с ревностью и недоверием. В ответ Султан-Эпе попрощался с отцом и матерью и стал невидимым. Услышав об этом, Ходжа Ахмед Ясави наказал Хаким-Ату обратным благословением: якобы по его приказу над могилой последнего в течение сорока лет текла Амударья и город Бакырхан был разрушен. Примерно через сто лет после исчезновения Султан-Эпе ногайцы мигрировали в Мангистау. Среди кочевых ногайцев был мулла, который учил детей грамоте. Среди его учеников был слабый и хромой мальчик по имени Хейрулла. Каждый день его избивал: в школе мулла, дома родители. Товарищи издевались над ним и всегда оскорбляли его. Короче говоря, его жизнь была трудной.
