Флора
Кыргызстана определяется высотой, на которой произрастает тот или иной вид. Степи, луга, пастбища, кустарники и леса распространены на севере. На юге, из-за сухого климата, лесов нет, а распространены альпийские луга, полупустыни и пустыни безводные. Деревья чаще встречаются в горных районах низких широт, а луга преобладают в более высоких широтах.
Наиболее распространенными видами являются василиски, каракол-конит, вальдшнеп, пустырник туркестанский, зверобой, мать-и-мачеха, душица, облепиха. К экономически важным дикорастущим растениям относятся солянка, барбарис, ревень, молочай ферганский, различные сорта тимьяна. В лесах произрастают тюльпаны, эдельвейс, пихта Шренка, пихта сибирская, можжевельник. Согласно древней легенде, киргизы весной сжигают ветки можжевельника в своих домах, чтобы очистить их от злых духов.
Самым известным растением на юге Кыргызстана является грецкий орех. Арсланбоб является родиной крупнейшего в мире природного орехового леса, генетическое разнообразие которого считается очень ценным для садоводства. Наряду с лесными орехами здесь растут дикие яблони, груши и вишни. Существуют различные легенды о происхождении грецкого ореха, в том числе о том, что Александр Македонский посадил первое дерево, а пророк Мухаммед дал первые семена своим ученикам, когда они проходили по территории Кыргызстана.
Наиболее распространенными деревьями являются ель, арча (можжевельник), пихта, клен, тополь, ива, березовые леса и тянь-шаньская рябина растут повсеместно
Фауна
Животный мир Кыргызстана разнообразен и сосредоточен в горных районах. На высоте 3400-3800 м над уровнем моря наиболее многочисленны серые сурки и горные полевки. Летом появляются бурые медведи, а также дикие овцы, зайцы и горные козлы. На высотах 3800-4000 м млекопитающих нет, но серые сурки и узкокорые полевки — частые гости. На скалистых выступах над линией снегов (высота 4,4 км) гнездятся горихвостка и альпийский горный вьюрок. На этой высоте также можно увидеть горного гуся, сизого голубя, куропатку, альпийскую галку и большого снегиря. А на высоте 4500 м можно встретить снежных козлов и хищных леопардов.
В Кыргызстане также можно встретить более редкие виды горных животных, таких как бараны Марко Поло, олени, рыси и снежный барс. У овец Марко Поло самые длинные рога среди всех баранов: самый длинный зарегистрированный рог составляет почти 2 м (6 футов). Снежные барсы предпочитают прятаться и уже занесены в список исчезающих видов. Кыргызстан является лидером в области сохранения снежных барсов.
Многие виды, находящиеся под угрозой исчезновения в Кыргызстане, занесены в Красную книгу. Это дикие бараны, снежный козел, северный козел, благородный олень, медведь, косуля, северный козел, рысь и снежный барс.
Для пойменных и озерных зарослей характерны серая цапля, волчок, окунь, фазан, коростель, иволга, славки, сорокопуты, мухоловки, соловьи. Из млекопитающих — ушан, лесная соня, ласка, камышовый кот, дикий кабан.